Madrasah Aliyah Al-Muhajirin berdiri pada tahun 1993 merupakan madarasah yang terintegrasi dengan pesantren dan seluruh siswa tinggal diasrama. Begitupun secara akademik, kurikulum pesantren sebagai ciri khas dan keunggulan yang dipadukan dengan kurikulum nasional dan kemenag.
Madarasah Aliyah Al-Muhajirin didirikan oleh DR. KH. Abun Bunyamin, MA sekaligus beliau sebagai kepala madrasah pertama yang terletak di komplek Pesantren Al-Muhajirin Jl. Veteran No 155 Gg. Kenanga II Kebon Kolot Purwakarta.
Memiliki fasilitas yang refsentatif terdiri dari asrama santri putra da putri, mesjid jamie, aula kegiatan dan pertemuan, ruang belajar, lab komputer, lab bahasa, perpustakaan, kantin, poskestren (klinik) dan lapangan olahraga.
Madarasah Aliyah Al-Muhajirin mengembangkan program studi keagamaan. Prodi yang justru tidak populer dilingkungan madrasah. Dengan prodi tersebut, MA Al-Muhajirin mengusung visi”MENJADI MADRASAH KADER PENGKAJI ILMU-ILMU SYARA”.
Dengan demikian kwalitas alumni yang diharapkan adalah siswa yang memiliki wawasan dan keahlian dasar dalam ilmu tafsir, ilmu hadits, ilmu ushul fiqih, tasawuf dan ilmu kalam.
Madrasah Aliyah Al-Muhajirin diperkuat oleh 24 orang guru, 5 TU, 1 pustakawan, 1 petugas kebersihan dan 1 orang petugas keamanan. Setiap pagi sebelum pembelajaran dimulai melakukan tadarus al-qur’an, membacakan ikrar guru, niat bekerja dan kalimah thoyyibah